Флаг Республики Алтай был утвержден 24 апреля 2003 года. Краткое описание и значение его определяет "Положение о государственном флаге республики Алтай".
Описывается флаг как прямоугольник, разделённый на четыре части полосами, расположенными по горизонтали - широкая верхняя полоса белого цвета, широкая нижняя - голубого, а между ними две узкие полосы - после верхней белой расположена узкая голубая, а потом, перед широкой голубой - узкая белая.
Эти полосы обозначают отличительные особенности Алтая:
- природу,
- неразрывность Алтая с Россией,
- душевные качества жителей, такие как благородство и чистота.
Белые полосы - согласие народов, вечность, голубые - небо, озера и реки Республики Алтай.