1 сентября 1919 года на базе бывшей Алексеевской гимназии была открыта единая трудовая школа II ступени. Позднее школа стала называться ФЗС – фабрично-заводская семилетка, а вскоре – ФЗД – фабрично-заводская девятилетка.
С сентября 1935 года школа стала называться полной средней школой № 9. В 1959 году на средства шефов – Шадринского автоагрегатного завода - было построено нынешнее школьное здание. В 1990 году решением Совета Министров РСФСР школе № 9 было присвоено имя Героя Советского Союза Николая Васильевича Архангельского, выпускника 1940 года, погибшего на фронте.
В 1993 году решением сессии городского Совета в школе были открыты первые гимназические классы. Именно с этого времени школа пошла по пути «от гимназии к гимназии». В 1998 году школа получила статус школы-гимназии. В 2002 году по итогам государственной аттестации и аккредитации Главного управления образования Курганской области ОУ получило лицензию на право ведения образовательной деятельности как инновационное учреждение МОУ "Гимназия №9".