В 1700 году, после смерти патриарха Адриана , который придерживался старых принципов и не одобрял новшеств, царь Пётр I преемника ему не избрал. Все дела принадлежавшие патриарху назначил Яворскому Стефану (рязанский митрополит). В 1721 году для того, чтобы управлять делами церкви, организовали коллегию духовных лиц имени святого Синода. Яворский Стефан был не только президентом святейшего Синода, но и лучшим апостолом, а также духовным писателем того времени. Пётр I дал указ написать духовный устав Феофану Прокоповичу (архиепископ из Пскова).
После того, как отменили патриаршество, духовная власть получила тяжёлый удар по свободе. Сравнивая с независимостью католичества на западе, у нас духовная власть самостоятельным и не было. Дела, причастные к церкви: выбор патриарха, избрание архиереев - были задачами не духовного характера, а скорее мирского правительства. Однако, во время патриаршества, духовная власть была достаточно независимой во внутренних делах, обладая подсудностью, влияла на дела государства (при Никоне и Филарете) и получала повиновение от светской власти. До правления Петром I, духовенство и светская власть отличалось содействием, преклонения было меньше. Однако после аннигиляции патриаршества и учреждения Синода произошли изменения. Учреждение святейшего Синода было правительственным, с помощью которого господство над церковными делами вдвигалось в администрацию государства. Правительство (обер-прокурор) контролировало Синода, Синод же подчинялся. Со временем обер-прокурор оказывал глубокое давление на дела церкви, принизив духовенство до простого административного органа, который выполнял лишь определённые задачи. Синод, как и все остальные коллегии - распорядительный орган, его участники - начальники в своей области, с одинаковыми обозначениями ("советник", "президент", "вице-президент"). Сверх всего, Церковная и духовная власти были подсудны государству во всех делах, кроме положений (каноны и догматы).