В 1460-х на Соловках было возведено три деревянных церкви (Успенская, Никольская, Преображенская), тогда же была получена жалованная грамота от Новгорода. В XVII веке монастырь использовался как тюрьма для политзаключенных того времени. С 1814 года монастырь теряет свое военное значение, происходит так называемое "разоружение Соловков". В 1918 году на островах появляются красные, которые конфискуют продовольственные запасы монастыря. В 1920 году монастырь ликвидируется, а его руководство отправлено в ссылку. Последний настоятель был казнен. На территории монастыря был организован лагерь принудительных работ. К своей религиозной деятельности монастырь вернулся только в 1990 году.